Pada tanggal 27 Desember 2000, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 237/O/2000, Jurusan Perikanan Fakultas Pertanian berubah statusnya menjadi Fakultas tersendiri dan diberi nama Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Mulawarman (FPIK UNMUL). Gubernur Provinsi Kalimantan Timur kemudian meresmikan beroperasinya FPIK UNMUL pada tanggal 7 Februari 2001.
Pada tahun 2004, FPIK UNMUL membuka Program Konsentrasi Studi Teknologi Hasil Perikanan yang dibina di bawah Jurusan Budidaya Perairan yang menjadi awal mula berdirinya Program Studi Teknologi Hasil Perikanan. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 138/KKPT/I/2015 Tanggal 4 Desember 2015, Program Konsentrasi Studi Teknologi Hasil Perikanan secara resmi berubah statusnya menjadi Program Studi Teknologi Hasil Perikanan di bawah Koordinasi Jurusan Budidaya Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Mulawarman.
Menjadi Program Studi yang unggul dalam bidang pendidikan, penelitian, dan penerapan IPTEK hasil perikanan khususnya di lingkungan hutan tropis lembab tahun 2027.
Menguasai konsep teoritis bidang pengetahuan dan keterampilan mengenai teknologi pengolahan hasil perikanan secara umum dan konsepteoritis secara khusus dalam bidang-bidang pengetahuan dan keterampilan tersebut secara mendalam.